É matéria estrutural e organizacional regulamentados estatutariamente. A Igreja ibcrj adota um manual de Administração para gerir seu funcionamento. Nenhuma deliberação neste manual poderá tratar matéria estatutária, bem como não terá vigor se feri-lo. Este Manual poderá ser modificado quantas vezes for necessário pela Assembléia Geral respeitando seus dispositivos para suas alterações (VI cap. IV art. 12). Segue-se a composição dos ministérios da Igreja: